秦岭植物标本馆始建于2004年，是依托商洛学院生物学省级优势学科建立的青少年科技教育基地。主要陈放着具有秦岭地域特色的植物标本、中药材标本、土壤水样标本以及一些加工产品等。该标本馆不仅承担着学校相关学科的教学和科研任务，还承担全市青少年植物学科普教育工作等。  

标本馆陈放着享誉中外的“五大商药”，即丹参、桔梗、连翘、黄芩和五味子，还有商洛分布的具有当地特色的药用植物、观赏类植物和经济类植物的蜡叶标本和浸制标本。现有植物蜡叶标本8500份，植物浸制标本130份，土壤剖面标本18份，五大水系水样15份，中药材饮片标本480份。其中有号称“亚洲人参”的葛根，有号称“植物黄金”的杜仲，有号称“仙草”的巨大野灵芝等。    

商洛学院坚持“立足商洛、面向地方、服务基层，培养应用型人才”的办学定位，在与地方的工作对接中，先后与陕西天士力植物药业股份有限公司、陕西森弗天然制品有限公司、商洛当地的专业合作社等共同开发出20多种金银花系列产品、30多种中药茶饮保健配方、20多种深加工食品等。同时还陈放着由生物医药与食品工程学院老师自主研发的“商山养生红”保健葡萄酒、“闯王花茶”、“素颜面膜”、“杜仲保健酒”、“柿子叶面膜”等，特别是由于浩世高级实验师历经30多年培育和审定的3个小麦品种：“商麦8928”、“商麦5226”和“商麦1619”等。